Bonjour olympe,
La part salariale de la cotisation MCEN ne peut, bien évidemment, qu'être prélevée que sur ton salaire net, quel qu'il soit (salaire de décembre ou 13ème mois d'ailleurs).
Une autre solution aurait pu consister à ce que ton employeur te demande de lui refaire un chèque pour t'acquitter de ta part dans cette cotisation MCEN. Auquel cas c'est bien sur ton net perçu (avant impôts) que tu l'aurais prélevé. Logique non?
Relis bien ton bulletin de salaire, ce type de retenue comptable, n'a dû être opéré qu'après l'acquit des charges salariales normales et pas avant, l'assiette des charges étant le salaire brut.
Cordialement.